1.牵头改善农村人居环境。

2.牵头外来入侵物种防控，负责指导农业外来入侵物种防控。

3.负责农业种质资源、农业野生植物、水生野生动植物保护与管理。

4.负责动物防疫（野生动物除外）以及兽医实验室生物安全监管，指导养殖环节病死猪无害化处理。

5.负责耕地及永久基本农田质量保护。

6.负责指导农产品产地环境管理，落实农用地土壤环境分类管理制度。

7.会同生态环境、自然资源管理主管部门对发生过重大、特大污染事故的农用地地块进行重点监测。

8.负责指导农业清洁生产，推进化肥、农药合理使用，地膜科学使用等。

9.负责农业废弃物资源化利用，指导农作物秸秆综合利用、畜禽粪污资源化利用和农药包装废弃物回收处理。

10.负责指导生态循环农业、节水农业发展以及农村可再生能源综合开发利用、农业生物质产业发展。

11.负责指导渔业水域生态环境保护，实施长江“十年禁渔”。

12.负责指导农业机械报废更新工作，淘汰老旧农业机械。