根据《重庆市机构编制委员会关于市农业局直属事业单位机构改革方案的批复》（渝编〔2003〕73号），原市农业局设立重庆市农产品质量安全中心，为原市农业局管理的处级事业单位，核定事业编制20名，其中单位领导职数3名（1正2副），行政管理人员、专业技术人员、工勤人员结构比例为5:12:3，经费渠道为财政全额拨款。内设办公室、计划财务科、质量标准科、监督管理科（体系管理科）、品牌发展科（地理标志科）五个科室。