重庆文理学院孙翰昌教授团队首次构建出双斑副沙鳅染色体级别基因组图谱

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日期：2026-07-27

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近日，重庆文理学院孙翰昌教授团队在Nature旗下期刊《Scientific Data》上发表题为《The chromosome-level genome assembly and annotation of Parabotia bimaculata（Cypriniformes: Cobitidae: Botiinae）》的研究论文，首次完成双斑副沙鳅染色体水平高质量参考基因组组装与全面注释。

双斑副沙鳅（Parabotia bimaculata）隶属于鲤形目鳅科沙鳅亚科，是我国西南地区特有珍稀鳅类，主要分布于长江干流、嘉陵江及渠江流域。该物种对水体污染耐受度低，高度依赖高溶氧清洁流水栖息，是理想的水质监测生物指示物种，也是长江上游鱼类多样性不可替代的组成部分。然而，副沙鳅属物种形态高度相似，传统形态学鉴定困难重重，加之现有分子系统发育研究多依赖线粒体部分基因，存在母系遗传、基因渐渗等局限，且缺乏高质量基因组资源，严重制约了该物种的分类学、系统演化及保护基因组学研究。

研究团队基于93.38 Gb的Illumina短读长数据、56.58 Gb的PacBio HiFi长读长数据及101.55 Gb的Hi-C数据对双斑副沙鳅基因组进行组装与染色体挂载，成功构建了高质量染色体水平基因组。研究整合从头预测、同源物种比对及转录组数据，通过MAKER2与HiFAP软件进行联合组装，最终注释获得26,312个蛋白编码基因，构建了完整的基因组结构与功能数据集。

双斑副沙鳅基因组信息的揭示对于理解鳅科鱼类演化历史、评估物种遗传多样性及制定科学保护策略具有重要意义。重庆地处长江上游，江河纵横，渔业资源丰富，近年来持续加强长江鱼类资源保护和水生生物种质资源库建设。孙翰昌教授团队这一研究成果，不仅推动了鳅类基础生物学研究进展，也为我市及长江上游地区珍稀特有鱼类种质资源保护与可持续利用提供了重要的数据支撑和理论依据。万摩科技承担了本研究的测序与分析相关工作。（初审│高雅英复审│马俊终审│梅会清）

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