根据渝农发〔2008〕579号和渝牧发〔2020〕32号文件，总站内设10个科室，其职能职责如下：

一、办公室

负责总站重要材料起草，对区县年度考核，综合事务的协调统筹、上传下达；公文收发、文件编印、办公内网运行管理；档案、办公物资及印章管理；对外宣传工作；保密、安全工作；后勤车辆、物业管理；重要性会议、业务培训的统筹申报、组织安排等；公务接待衔接和服务工作；文明单位建设和领导交办的其他工作。

二、政工科

党务（支部工作），组织、人事、纪检、群团工作；劳动工资，职务职称管理，职工考核考勤，离退休职工管理；职工思想政治工作、队伍建设和管理；宣传教育和培训，计划生育，文明单位建设和领导交办的其他工作。

三、计财科

资金预算管理、财务核算及资金管理、资产管理、项目计划与实施管理、财务档案管理，文明单位建设和领导交办的其他事项。

四、信息监测科

负责全市畜牧生产统计、监测、信息化管理等相关工作。负责畜牧生产统计监测分析，行业调研和分析预测（预警）；组织建设行业统计监测体系、统计培训；组织数据核查；组织实施畜牧统计监测预警项目；畜产品市场信息的采集、上报、发布；负责市畜牧总站官网维护和信息发布；总站信息化项目建设管理；文明单位建设和领导交办的其他工作。

五、生猪产业科

负责全市生猪产业技术推广、技术服务等。协助主管部门编制全市生猪产业发展规划；良繁体系建设和良种推广指导；技术标准(规范)制定；技术试验示范及推广应用；技术培训及咨询指导；项目争取和实施，生产调研；文明单位建设和领导交办的其他工作。

六、牛羊产业科

负责全市肉牛、奶牛和山羊产业技术推广、技术服务等。协助主管部门编制全市牛羊产业发展规划；良繁体系建设和良种推广；奶业生产指导，收奶站生产技术指导；地方标准制定；先进实用技术示范、推广、运用和技术培训；标准化规模养殖场技术指导和技术支撑；项目争取和实施；生产调研；文明单位建设和领导交办的其他工作。

七、特色产业科

负责家禽、家兔、蜜蜂产业和其他特色养殖技术推广、技术服务。协助主管部门编制全市家禽、家兔和蜜蜂产业发展规划；良繁体系建设和良种推广；技术标准(规范)制定；技术试验示范及推广应用；技术培训及咨询指导；项目争取和实施，生产调研；文明单位建设和领导交办的其他工作。

八、饲草饲料科

草业技术推广、技术服务，生产调研，协助编制行业发展规划，草业统计，草地病虫鼠害统计与预警。饲草饲料生产与加工、牧草资源保护、开发和利用指导；饲草品种技术引进、示范和推广，草品种区域试验，草业技术研发与集成，主推草种及草业技术发布。草业科技培训、地方标准编制。文明单位建设和领导交办的其他工作。

九、种畜禽管理科

协助市农业农村委对市级种畜禽场生产的管理和指导。参与种畜禽管理与生产性能测定，畜禽遗传资源保护与利用指导，市级种畜禽场《种畜禽生产经营许可证》的审核、验收、上报发证工作；监督管理区县级种畜禽场生产经营，良种登记，证照的统一印制及日常工作管理；对全市种畜禽生产、管理数据库的建设、维护，全市种畜禽市场信息的收集、发布；全市地方畜禽品种资源和引进品种的调查、保护、利用、开发和推广；文明单位建设和领导交办的其他工作。

十、畜禽养殖废弃物资源化利用科

协助行政主管部门开展畜禽养殖废弃物资源化利用等项目实施、督查和绩效考核相关工作；畜禽养殖废弃物资源化利用技术与模式的集成推广、试验示范；组织开展畜禽养殖废弃物资源化利用技术培训宣传等；文明单位建设和领导交办的其他工作。

十一、畜产品加工科

落实上级畜产品加工有关安排部署，研究分析产业发展趋势，加强行业调研，开展行业新技术、新产品、新机械、新工艺技术集成、示范与推广，推动技术创新、标准化发展和产业链建设，提供技术培训及咨询指导服务，促进产业协同高质量发展。